一套完整的反滲透系統由：預處理系統、膜過濾系統、后處理系統和清洗系統。針對不同的進水水源及不同要求產水水質，設計合理的反滲透系統，能降低系統污染速度，延長系統清洗周期，降低清洗頻率，提高系統的長期穩定性，降低系統運行的成本。

一般的設計步驟為：

1) 水源水質的分析；

2) 針對水源水質設計合理有效的預處理方案，以達到膜元件的進水要求；

3) 根據產水量和產水水質要求設計合理的膜過濾系統，及系統自我沖洗維護程序；

4) 根據對產水水質需求設計后處理部分（如離子交換處理系統）；

5) 設計合理的物理、化學清洗系統；

對膜系統設計影響最大的因素是進水的污堵傾向，膜元件污堵是由于進水中存在顆粒物、膠體物質、有機物等并在膜面沉積，污堵物沉積速度隨著系統平均產水率(單位膜面積上的產水負荷)和元件回收率（影響濃差極化度）的增加而增加。因此，過高的系統平均產水率和系統回收率很容易產Th更高的污堵速率和更頻繁的化學清洗。

設計導則是根據不同類型的水源中大量的工程項目設計及運行數據總結出的經驗數值，依照此導則設計的系統其運行周期更長、清洗頻率更低，注意本導則是設計系統的一種參考，不能作為承諾的質保。